El Colegio Cofraternidad de San Fernando dentro del principio de la Autonomía Escolar y en aras  de dar cumplimiento a sus principios filosóficos   contemplados en el Proyecto Educativo Institucional y su desarrollo del Decreto 1290 de 2009 define su Sistema de Evaluación y Promoción del aprendizaje del estudiante como el proceso formativo de su desempeño el cual permite observar progresos o dificultades en la adquisición del conocimiento, habilidades, destrezas y valores propios de las competencias a las que se apunta en las diferentes asignaturas del Plan de estudios.

La evaluación es un proceso permanente, flexible, contextualizado y formativo (valorar todo el proceso), que requiere de la autoevaluación (valorar uno mismo su propia capacidad para reconocer fortalezas y debilidades para implementar planes de mejoramiento), coevaluación (evaluar el desempeño de una persona a través de otros para retroalimentar el proceso) y heteroevaluación (evaluación de una persona sobre otra) de los involucrados, asegurando en todo momento la calidad, la profundidad, el sentido del aprendizaje y la excelencia,  siempre enfocada al  MODELO PEDAGOGICO HOLISTICO que concibe la formación de los estudiantes en términos de integración e interrelación, como un sistema vivo, dinámico, como una comunidad de aprendizaje que posibilite un método para aprender y enseñar  y por ende al Proyecto Educativo Institucional. Se debe considerar el perfil del egresado, el saber, el ser, el saber hacer y la integralidad del ser humano.​